Encephalitozoon cuniculi is een protozoa, een hele kleine ééncellig parasiet die behoorlijk wat problemen kan opleveren voor een konijn.
Veel konijnen worden besmet met E. cuniculi, maar hebben dan vaak geen ziekteverschijnselen. Ze zijn drager van deze parasiet. Bij bv.  stress of andere ziekte kan E. cuniculi zich sterk gaan vermeerderen en voor problemen gaan zorgen.

Symptomen van infectie met E.cuniculi kunnen zijn:
* Hersenverschijnselen: scheve kopstand, draaiende oogbollen, omrollen, epileptie
* Verlamde achterpoten
* Urine-brand (huidontsteking achterkant door blaasverlamming, waardoor urine lekt)
* Nierproblemen (veel drinken, veel plassen, slechte conditie)
* Oogproblemen (ontsteking, lenstroebeling)

Deze verschijnselen zijn niet uniek voor E. cuniculi, er zijn ook andere oorzaken mogelijk voor bovengenoemde verschijnselen.
Het lastige is, dat het vrijwel onmogelijk is om bij het levende dier met 100% zekerheid de diagnose E. cuniculi te stellen. Bloedonderzoek naar antistoffen tegen deze parasiet geeft een aanwijzing, maar bijna de helft van de konijnen heeft deze antistoffen ook terwijl ze verder nergens last van hebben. Het aantonen van antistoffen in het bloed is dus geen bewijs, maar in combinatie met verdachte symptomen maakt dat het wel erg waarschijnlijk dat E. cuniculi de oorzaak is. In urine is de parasiet soms aan te tonen.

De diagnose is alleen met 100% zekerheid te stellen door middel van weefselonderzoek bij sectie op het overleden dier.
De behandeling is afhankelijk van de symptomen maar bevat altijd langere tijd fenbendazol.
Fenbendazol kan de parasiet helaas niet doden, maar helpt om te zorgen dat de parasiet weer terugkeert naar het rust-stadium. Hoe sneller het konijn behandeld wordt, hoe groter de kans op herstel.
Het konijn moet naar binnen worden gehaald in een warme omgeving, zodat het al zijn energie kan steken in het herstel. Hokgenoten zullen preventief worden meebehandeld.
E. cuniculi is een nare parasiet die konijnen erg ziek kan maken. Als de behandeling onvoldoende aanslaat en het dier lijdt, dan is het vaak eerlijker om het konijn te laten euthanaseren.

Mocht het konijn komen te overlijden, dan is het raadzaam om hok en omgeving grondig te ontsmetten (bv met 1 op 10 verdunde bleek), voordat een nieuw konijn wordt aangeschaft.
E. cuniculi is een zoönose. Dat wil zeggen dat de parasiet ook de mens kan besmetten. Dit is met name een probleem voor mensen die een sterk verminderde afweer hebben.